Nieetatowy Instytut Nawigacji i Hydrografii Morskiej powstał w styczniu 1973 roku. Jako wydzielona i niezależna instytucja jest częścią składową Wydziału Nawigacji i Uzbrojenia Okrętowego a tym samym Akademii Marynarki Wojennej.
Kontynuuje działalność poprzednich komórek nawigacyjnych poczynając od Katedry Nawigacji i Cyklu Nawigacji OSMW. Jest spadkobiercą wielu pokoleń nauczycieli, zaangażowanych w proces kształcenia nawigacyjnego prowadzonego w byłych Oficerskich Szkołach Marynarki Wojennej.
