Kierunek: nawigacja
Specjalność: nawigacja morska
Profil: ogólnoakademicki

Studia drugiego stopnia trwają trzy semestry, po 14 tygodni zajęć dydaktycznych w semestrze. Studenci cywilni, którzy posiedli wiedzę teoretyczną na poziomie zarządzania wcześniej, na studiach pierwszego stopnia, studia drugiego stopnia mogą wykorzystać na poszerzenie wiedzy i zdobycie wymaganej praktyki pływania. Studenci cywilni, z uwagi na ogólnoakademicki profil studiów, nie mają przewidzianej praktyki zawodowej w programie kształcenia. Podczas ostatniego semestru studiów studenci przygotowują pracę magisterską.

Egzamin dyplomowy odbywa się po zakończeniu ostatniego semestru studiów. Zdanie egzaminu i uzyskanie dyplomu ukończenia studiów drugiego stopnia jest równoznaczne z uzyskaniem tytułu magistra inżyniera. Absolwenci studiów wojskowych drugiego stopnia, po odbyciu praktyki pływania określonej Rozporządzeniem Ministra Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej z dnia 7 sierpnia 2013 r. w sprawie wyszkolenia i kwalifikacji członków załóg statków morskich (Dz. U. z 2013 r. poz. 937) zdobędą uprawnienia do uzyskania dyplomu oficera wachtowego w dziale pokładowym w żegludze międzynarodowej na statkach o pojemności brutto 500
i powyżej. Studenci cywilni, przedmiotowe uprawnienia, zdobywają już po studiach pierwszego stopnia.
Po zakończeniu studiów drugiego stopnia, studenci wojskowi uzyskują patent oficera Marynarki Wojennej.